执行委员会
执行委员会是研究院的常设决策机构，负责重大事项的审批、业务流程的商定以及各项策略的总体设计。 同时该部门下设院长、执行院长等职位，通常由院长职位担任研究院法人做最终决策。
综合事务办公室
综合事务办公室负责研究院的整体行政、财务、人事等工作，下设行政管理处、人事处、财务处、网络管理中心。 其中行政管理处负责企业内部业务的初步审批，管理企业公章，营业执照和工商行政等事务。人事处负责人员的招聘、绩效考核与内部培训。财务处负责企业的财务编制、审计、以及经费的规划。网络管理中心负责研究院网站、平台以及相关备案事务的维护。
科技研发中心
科技研发中心是研究院的核心部门，该部门主要负责新技术的研发与试验性发展，根据研究院的定位与研究方向，下设数据分析技术研发分中心、信息数字化技术研发分中心、分布式技术研发分中心、智能化管理技术研发分中心四个子级部门。因数效科院为一个开放、包容的民营研究院所以每个子级部门下设一个学术委员会，以吸引来自全国各地的科学研究人士共同为科研事业贡献一份力量。
科技服务中心
科技服务中心是研究院对外服务的主要部门，该部门负责直接对接客户，为客户提供知识产权、技术咨询与企业孵化等服务。 该部门下设知识产权处、技术咨询处、企业孵化服务部三个部门，分别为客户提供相应的服务。
产业协同中心
产业协同中心是数效科院的商业、产业、市场运营部门，负责及时获取相关的产业市场情报、联系相关市场主体为客户搭桥牵线以及为客户提供经汇总整理后的市场情报。该部门下设产业情报处、投融资服务处以及产业技术咨询服务处三个部门。
科技鉴定与评估中心
科技鉴定与评估中心是研究院为客户提供项目申报评估服务的主要部门，为客户提供数字化、信息化水平评估，为客户进行信息化技术鉴定与鉴定客户相关的科技成果并为客户提供相应的鉴定报告。 该部门下设企业信息化水平评估中心、信息化技术鉴定中心、科技成果鉴定中心三个部门。
